1、现场热焊接工艺复杂不易掌握，焊缝质量检测困难且不准确尤其人工湖水深一般较浅，一般选择的复合土工膜都较薄。而资料表明较薄的复合土工膜的焊接工艺尤为困难 
2、支撑层和保护层的要求高。垫层中不能含有带尖角、利棱的砂砾石。否则很容易被硌破。
3、在紫外线的照射下易老化，运输、贮放及铺设施工过程中应注意保护。所以土工膜在铺设后应尽快铺设覆盖层。 
4、界面摩擦系数小，在陡坡铺设困难。 
5、刮风时而未铺设保护层的复合土工膜易于受风吹动而撕破。
6、缺陷补救困难，膜体经焊接后，不能再次进行焊接，所以形成漏焊或漏点后，只能用电吹风加热膜体。然后用手压粘接的方法来补救但这种方法粘接的膜体，抗拉强度不稳定，质量无保证。